Świątynia należy do Polskiego Autokefalicznego Kościoła Prawosławnego. Mieści się w dawnym kościele ewangelickim, który został wybudowany w latach 1902-1903 w stylu neogotyckim według projektu słynnego niemieckiego architekta Hansa Poelziga. Wówczas nazwano świątynię Kościołem Pamięci Cesarza Wilhelma. Jest to budowla trzykondygnacyjna z wieżą. W szczytach znajdują się duże półkoliste okna. Wejście do kościoła z tarasu. W ówczesnym kościele na wyposażeniu znajdowały się: ołtarz, ambona, chrzcielnica, żyrandol oraz prospekt organowy zaprojektowany przez Hansa Poelziga.

Pierwszym pastorem kościoła ewangelickiego został Karl Langer. W czasie drugiej wojny światowej świątynia ucierpiała w wyniku uderzenia pocisku artyleryjskiego w kopułę kościoła. Uszkodzony w kilku miejscach dach przeciekał i groził zawaleniem, podobnie jak wieża. Od 1950 r. kościół pełni funkcję świątyni prawosławnej. Pierwsza liturgia została odprawiona w czerwcu 1950 r. przez księdza prostojereja Stefana Bieguna. W 1951 r. parafii prawosławnej zostały przekazane w zarząd i użytkowanie poewangelickie nieruchomości: kościół, budynki gospodarcze i plac przykościelny. Następnie w latach 1953-1954 r. kościół dostosowano do potrzeb liturgii prawosławnej. Ikonostas, pochodzący z przełomu XIX i XX w., został sprowadzony z nieczynnej cerkwi św. Michała Archanioła w Kulnie na Lubelszczyźnie.

Do dziś w świątyni zachowały się niektóre elementy przedwojennego wyposażenia: ołtarz, krzyż, ambona, żyrandol, baptysterium, witraż i dwa dzwony na wieży. Przed kościołem rosną rzędy stuletnich lip drobnolistnych. Pierwsi powojenni członkowie parafii to Łemkowie, którzy w wyniku akcji "Wisła" zostali przesiedleni na teren powiatu średzkiego. Obecnie parafia liczy ok. 50 rodzin.

Będąc w Malczycach warto również odwiedzić kościół parafialny p.w. Niepokalanego Poczęcia Najświętszej Maryi Panny z 1905 roku, neogotycki, czy obejrzeć barokową figurę świętego Jana Nepomucena z XVIII wieku, stojącą przy murze kościoła. Warto wspomnieć, że miasto było węzłem kolejowym oraz posiadało port rzeczny.